要注销公司，但公司有债务，是否可以办理？这其实分为两种情况：如果债务只是私底下的债务，没有到法院起诉，没有案件的存在，那么也是可以注销公司的。但是，如果有待执行的案件，那么就需要把这些债务问题处理好，只有在撤诉以后才可以注销公司（公司有待执行案件，税务可以正常注销，工商要处理正常才可以注销）。
这是因为，根据《公司法》的相关规定，必须要成立清算组，对公司的债权债务情况进行清算处理；必须对相关情况进行合法的处理后，才可以按照规定的程序来进行注销处理。
【法律依据】
《公司法》第一百八十六条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款；
清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。